La Reserva Nacional de Junín o lago de Junín, conocido también con los nombres de lago de Chinchaycocha o de los Reyes se halla en las Regiones de Junín y Cerro de Pasco, a 4100 m.s.n.m; rodeada de la meseta de Bombón o Pampa de Junín y las lagunas de Laulicocha, Chacacancha, Tauli, Cusicocha, Ahuascocha, Rusquicocha, Cachachuco, Alcacocha, Cashua y otros, es el segundo lago más grande del Perú después del Titicaca y el más alto del mundo. Tiene 53,000 hectáreas de extensión.
 
Se .estableció la Reserva Nacional de Junín el 7 de Agosto de 1974 por Decreto Supremo N° 075-74-AG y declarada Humedal de Importancia Internacional el 20 de enero de 1997 por ser el humedal más importante del Perú y del mundo, para conservar de manera integral el ecosistema, la biodiversidad y las bellezas escénicas del lago, así como contribuir al desarrollo social y económico de la región a través del aprovechamiento sostenible de sus recursos naturales renovables. Estos objetivos quedaron solamente en el papel.
 
Desembocan en el lago los ríos San Juan marcadamente contaminado y el Chacachimpa que era de aguas cristalinas, pero por la eliminación de las aguas servidas de la ciudad de Junín se contaminó; otros ríos menores que desemboca en este lago son: Yahuarmayo, Maraychaca, Condorcocha, Huasán y otros. Nace de este lago el río Mantaro muerto en el 100% en su fauna y flora. que después de recorrer 724 kilómetros se une con el río Apurimac para formar el río Ene, tributario del río Amazonas que desemboca en el Atlántico.
 
En 1978 de detectaron 98 otros afirman 149 especies de aves nativas, migratorias y ocasionales y en 1998 hallaron solamente 37 especies. En pocos lugares del Perú y del mundo era posible observar tantas aves acuáticas altoandinas juntas: gallaretas, ojojos o pollas de agua gigante, flamencos, más de diez especies de patos, yanavicos o ibis andinos, el ganso andino (huallata o Huachua) entre muchas otras; siendo el ave endémico el zambullidor PODICEPS TACZANOWSKII, ave que no vuela; se moviliza por debajo del agua; esta especie vivía exclusivamente en este lago: En 1998 INRENA detectó solamente UNO. Está extinguido; los optimistas aceptan que está aumentando; probablemente confunden con el podiceps occipitales juninensis o el podiceps chilensis morrisoni, que son otras especies de podiceps. Esta especie ha desaparecido por inanición; su alimento principal el ORESTIAS (chalua) desapareció del lago por la contaminación; también ha desaparecido por intoxicación por el cobre, la rana gigantes de Junín- BATRACHOPRYNUS MACROSTOMUS, que llegaban a pesar hasta dos kilos; ha desaparecido también del lago de Junín la TRUCHA, pez que fue introducido por la Cerro de Pasco Cooper Corporation en 1926.
 
En 1978 censaron 368 especies de vegetales; en 1998, solamente 26 especies: la vegetación predominante estaba representada por Poáceas distribuidas en matas, como el crespillo (Calamagrostis sp.), especies Festuca sp. y Stipa brachyphylla, conocidas comúnmente como ichu, así como por totorales (Juncus andicola), que conforman islotes donde se desarrollan especies como el mirmo o cheuga (Scirpus californicus);: desaparecieron también los zooplacton y fitoplacton
La contaminación marcada y el manejo inadecuado del lago con fines energéticos han afectado los ecosistemas y la biodiversidad en cerca del 90%, en su mayoría irreversibles. Los agentes contaminantes, relaves, metales pesados y aguas ácidas, eliminados por los centros mineros: Volcan, Brocal, Tinyahuarco y concentradora de Huaraucaca, llegan al lago por intermedio del Río San Juan.
 
El espejo de agua del lago es regulado con fines energético desde 1934., El cierre y apertura de la compuerta de la represa Upamayo, ocasiona vaivenes del agua que ha ocasionado daños irreversibles en los ecosistemas y dispersa la contaminación; ha destruido 80.000 hectáreas de terreno agrícola ganadero.
 
La Reserva Nacional de Junín está también en vías de colmatación por la sedimentación de los relaves desde 1902, eutrofización por el ingreso de material orgánico, depredado en su fauna y flora en más del 90 % y dañado en forma irreversible sus ecosistemas y biodiversidad: Hagamos algo para evitar la muerte anunciada de esta Reserva; no nos pertenece; es la herencia de nuestros hijos
 
– Dr. Godofredo Arauzo